Els primers vestigis d’assentaments humans pròxims a Ondara es localitzen en les coves del Colom i del Corb (paleolític mitjà), cova fosca (eneolític) i en la serra de Segària un poblat ibèric.

Sobre les distintes teories que explicarien el topònim Ondara, pareix ser que la del professor Manuel Sanchis Guarner siga la més rigorosa. Segons ell, procediria de “Ondar”, vocable ibèric que significa arenal.

Especial interès, tenen per la seua proximitat al casc urbà actual i lligat a l’arribada de colons romans a Dénia, l’aparició de vàries viles, necròpolis i ceràmica romana en les partides del Pla de la Font, Pujades i Vinyals, on s’han recuperat nombrosos vestigis, la majoria d’ells exposats en el Museu Arqueològic de Dénia, així com diverses inscripcions honorífiques i funeràries recuperades al casc antic.

Però, serà baix la dominació musulmana quan Ondara tindrà una gran rellevància. Amb la protecció d’una petita elevació i el recurs d’aigua del barranc de l’Alberca, es construirà un castell que perdurarà durant segles, ocupant la part alta del poble, del qual queda la Torre del Rellotge com a màxim exponent. Amb la independència del Califat de Còrdova, el1012 entra a formar part del Regne taifa de Dénia.

Existeix constatació documental de que el Cid Campeador va ocupar temporalment el castell durant l'hivern del 1090 al 1091, periode en que el castell seria refortificat, i des d’on exigira tributs al rei de Dénia.
La dominació àrab a Ondara li reportà l’expansió dels sistemes de reg, què encara hui perduren, un desenvolupament agrari i un creixement de la població important.
Dies després de la conquesta, el rei Jaume I estava en Ondara el 6 de juny de 1244. Amb ell aplegaren els primers pobladors, encara que era un territori fronterer i inestable, amb una població majoritàriament islàmica.
Durant aquest temps, el poble va pertànyer tant als reis com a senyors particulars com Berenguer de Palau (arquebisbe de Barcelona). L’any 1323 es donaren pel rei Jaume II, població i terme, al seu fill Pere, infant d’Aragó.

En 1472 es tenen noticies d’una important activitat en el cultiu de la pansa, realitzada pels moriscs. En aquest moment, la població cristiana ronda el 20% de la població total, al voltant de 500 habitants. Un dels llinatges més importants de la noblesa catalana, els Cardona, es faran càrrec del senyoriu d’Ondara, on residiran alguns d’ells com N’Antoni Cardona i Borja, marqués de Guadalest, a final del segle XVII.

A primeries del segle XVI, Ondara serà escenari d’alguns moments bèl•lics de la guerra de les germanies (1520-1523). Estigueren Vicent Peris, líder del moviment de germanies, i el Marques de Cenete, germà de Diego Hurtado de Mendoza, virrei de València, per l’altre bàndol.
Ondara fou nomenada en 1544 Vicaria Perpetua del Marquesat de Dénia i, l’any 1574, el rei Felipe II aconseguí del Papa Gregori XIII l’ascens de la vicaria a Parròquia. Se li atorgà en aquest temps el títol de Vila.

En 1609 sofrirà una gran sangria demogràfica amb l’expulsió dels moriscs, uns 895, que deixaran Ondara, en paraules d’Escolano, ferm i desemparat. La repoblació s’inicià en 1611, amb l’arribada de pobladors cristians des d’altres pobles de la comarca i de les Illes Balears. Amb aquestos s’implantà l’Ordre de Sant Francesc de Paula, baix la protecció del Marques de Guadalest, senyor del poble.
El segle XVII serà un període de lenta recuperació demogràfica i econòmica, amb alguns brots de pesta bubònica, fins a aplegar a la guerra de Successió, on la participació activa d’Ondara a favor de l’Arqueduc Carles d’Àustria li suposà, després de la derrota, una venjança per les tropes borbòniques. Ondara fou cremada i saquejada. Un ondarenc il•lustre, Joan Gil, fou una de les figures populars del moviment popular austracista i antisenyorial.

Durant la guerra del Francés (1808-1814), un altre fill d’Ondara, Diego Grustan, es significarà com a Cap de la guerrilla front a les tropes napoleòniques.
La segona meitat del segle XIX i amb el conreu de la pansa, Ondara adquirirà una gran rellevància en la comarca. Creix la població, s’obrin nous carrers i s’edifiquen nombroses cases sumptuoses. Aquest esplendor finalitzarà amb l’epidèmia de la fil•loxera, a principis del segle XX, que arruïnarà l’economia local i empentarà a centenars d’ondarencs a l’emigració, (en especial a l’Argentina i l´Alger).
Significativa és en aquesta època, la presencia del doctor català Jaume Ferran i Clua, inventor de la vacuna anticolèrica, que aplicà en Ondara amb notable èxit, mentre que en altres pobles de la comarca, més escèptics, per no permetre-li aplicar-la, els va costar una pèrdua considerable de vides humanes.